Основна делатност Музеја обавља се о уквиру стручних одељења (археолошко, етнолошко, историјско и историјско-уметничко) која у појединим сегментима рада излазе из географских оквира Шумадије и хронолошки и тематски покривају широка подручја и свако од њих има специфичности. Као комплексни музеј Народни музеј Шумадије у Крагујевцу подразумева координацију рада стручних одељења и служби које прате њихов рад. Стручњаци осталих Сектора сарађују са одељењима у оквиру Сектора музејских збирки и истраживања, посебно када су у питању поставке, односно тематске изложбе.

Сектор музејских збирки и истраживања обухвата:

Одељење за археологију:
Милош Јуришић, виши кустос археолог
Марија Сарић, виши кустос археолог
Игор Ђуровић, виши кустос археолог

Одељење за етнологију:
Наташа Николић, музејски саветник етнолог
Светлана Радојковић, музејски саветник етнолог

Одељење за историју:
Бојана Топаловић, музејски саветник историчар
Роксанда Алексић, кустос историчар

Одељење за историју уметности:
Татјана Милосављевић, музејски саветник, историчар уметности-руководилац сектора